本院設立於1897年,前身為台北病院醫學講習所,1899年成立「台灣總督府醫學校」,收納原醫學講習所學生,1927年改稱「台北醫學專門學校」,1928年台北帝國大學創校,創立之初並未設醫學部,1936年採一校兩制,成立台北帝國大學醫學部,並將原台北醫學專門學校改制為台北帝國大學附屬醫學專門部。1945年臺灣光復,政府接收台北帝國大學並更名為國立臺灣大學,醫學部改稱醫學院,醫學專門部停止招生。
本院由院長綜理院務,並推動學術研究,在行政組織上,設有教學研究單位(2專業學院、8學系、27學科、25研究所、2學位學程、3研究中心),臺大基因體暨精準醫學研究中心、創新藥物研究中心,教學研究行政單位(教務分處、學務分處、共同教育及教師培訓中心、研究發展分處、資訊組、實驗動物中心),輔助教學研究之業務單位(院長室、秘書組、人事組、會計組、總務分處、醫學圖書館、國際事務中心),另有附設機構(附設醫院、附設癌醫中心醫院)。其中秘書組暫以功能性單位運作。
目標
本院在我國醫學教育上扮演極重要角色,其教育目標是「培育良才、領導專業、創新研究、造福人群」。
願景
成為華人社會醫學教育與生物醫學研究的標竿,以及亞洲頂尖、世界一流的醫學院。