國立臺灣大學醫學院下原有牙醫學系成立於1953年,1988年成立牙醫科學研究所,並於1996年正式更名為臨床牙醫學研究所,口腔生物科學研究所也於1997年應運而生,於2008年後,此三單位歸屬於新成立的牙醫專業學院。
牙醫學系修業年限為6年,分為一、二年級的大學共同科目教育;三、四年級的基礎醫學、基礎牙醫學、以及臨床醫學教育;五、六年級臨床牙醫學教育,以及臺大醫院牙科臨床見習、實習。
臨床牙醫學研究所設有碩士班和博士班,並分為齒顎矯正學、補綴、口腔病理、兒童牙科、牙體復形美容牙科、口腔顎面外科、牙周病、牙髓病等八組,主要從事臨床牙醫學的研究與專科醫師訓練。
口腔生物科學研究所為口腔及牙醫學系統中之一員,肩負口腔醫學之基礎教學及研究之任務,所招收學生不限於牙醫師,以培養牙醫學教育所需之基礎研究人才及教師為宗旨。