台大小兒科同仁有共同的認識,那就是除了各種疾病的診斷與治療以外,小兒科醫師應研究兒童的成長與發育,並如何長大以後促進發揮其潛力。目前科內細分為新生兒科、小兒血液腫瘤科、小兒風濕免疫科、小兒神經科、小兒感染科、小兒腎臟科、小兒腸胃科、小兒心臟科、小兒胸腔與加護醫學科、小兒內分泌科、小兒遺傳科共十一個次專科。科內日常醫療工作可分為門診及病房兩大方面。門診工作包括普通門診、健兒門診、專科特別門診與24小時服務的急診。病房工作分為嬰兒室、兒童一般病房(48床)、兒童腫瘤病房(32床)、新生兒加護病房和觀察病房(24床)、嬰兒加護病房(32床)、小兒加護病房(11床)。本科為全國專設危險病兒轉送制度之小兒科,派資深住院醫師到婦產科醫院,急救高危險新生兒,並轉送來院治療。
臺大醫院為了兒童醫療的進展,在2008年12月始興建完成並正式啟用兒童醫療大樓。小兒部所有病房單位、檢查室、與研究室皆搬遷至此大樓。在2014年4月衛生福利部通過審議,於6月30日正式核發臺大醫院兒童醫院設立許可函,兒童醫院於7月21日舉行揭牌典禮,並且在8月1日正式開業,由吳美環教授擔任第一任院長。
本科前後輩及同仁所做的學術研究及貢獻非常之多。日治時代的主要研究是夏季熱,就夏季熱之臨床觀察,血液像、鈉及鉀代謝、糖代謝、自律神經、氯代謝、皮膚溫及食量與睡眠等深入做研究。台灣光復後,歷屆主任及同仁所作者,有中國人新生兒黃疸之特徵、免疫學G-6-PD等有關遺傳問題之認識、中國人風濕性及先天性心臟病之特徵與各種複雜血行力學之闡明、兒童血液腫瘤難症之治療、造血幹細胞(骨髓、周邊血幹細胞、臍帶血)移植、腫瘤免疫治療、兒童過敏免疫學、兒童胃腸學、B型肝炎疫苗對預防兒童肝癌發生、兒童神經學、兒童腎臟學、兒童內分泌學、兒童先天性異常和代謝性疾病、及台灣特有的傳染病學等之問題,均有深入的研究與成果。