臺大在神經科學的研究上早已有長久優良的歷史。1960年代藥理學研究所教授李鎮源院士與張傳炯院士在蛇毒中發現α-bungarotoxin,是神經生物學研究的重要里程碑,後來陸續有許多研究人員加入神經科學相關的研究工作,可惜資源分散在校內各處,整合工作成效未彰。有鑑於神經科學及認知科學研究的跨領域特性,國內外的知名大學相繼成立神經科學研究中心、神經認知科學學程等整合性單位,臺灣大學內與神經、認知科學相關的研究人員也先後發動一波波資源整合的呼聲。
2005年10月,臺灣大學神經生物與認知科學中心在李嗣涔校長揭幕主持下,正式成立。旨在促進跨院系的合作、統籌神經認知相關國際交流,並藉由學程的設立來訓練神經科學與認知科學的人才。該中心的成立讓相關領域的師生有相互瞭解的機會,也促成了許多整合性的研究工作,例如:精神分裂症研究邁頂計畫相關的月會。
神經生物與認知科學中心的成立,更加深臺大校內相關研究工作者跨領域合作的決心,因此在胡海國教授領導的籌備委員會的努力推動下,2011年腦與心智科學研究所於醫學院正式成立,先後由胡海國教授、李芳仁教授、謝松蒼教授及邱麗珠教授擔任代理所長,並自2012年時陸續聘請王培育助理教授、吳恩賜助理教授、黃憲松助理教授及曾明宗教授擔任本所專任教職。此外,為落實跨領域、跨院合作精神,本所合聘43位跨院教師,分佈於醫學院、生命科學院、理學院、文學院及工學院,邱麗珠教授亦於2014年12月出任所長一職。
本所為一整合性的實質教學研究單位,期望透過所內師生跨領域的研究主題,直接串起不同領域教學同仁的合作關係,並連結校總區的神經生物與認知科學中心與於2011年5月成立之臺大醫院的臨床神經生物與行為中心,在行政上整合各單位的資源,並辦理國內外相關的學術研討活動,達到更有效整合的目標。
跨領域整合是臺大腦與心智科學研究所的最大特色。不同於國內其他研究所的分組教學,腦心所秉持領域整合不可分割的理念,聚集臨床醫學、神經科學、認知科學等領域的師資與來自不同背景的同學。本所的課程設計涵蓋臨床神經與精神醫學、神經生物、認知科學三個領域的基礎課程,並透過相關議題的討論,提供跨領域溝通交流的平台,期待學生能打破傳統學術領域的分界,從更全面的觀點看待腦與心智的研究議題,並帶動臺大神經認知科學相關研究工作的合作。