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臺灣大學醫學院病理學科的前身是臺北帝國大學醫學部病理學教室，於1936 年及1937 年分別開設病理學第一及第二講座。1945 年第二次世界大戰結束，改稱國立臺灣大學醫學院病理學科，1947 年6 月病理學研究所碩士班成立。1953 年醫學院病理學科與研究所遷入附設醫院。1954 年在附設醫院設立「病理科」，使病理學科與研究所成為一綜合基礎與臨床教學服務的特殊學科，研究得以拓展。1969 年9 月增設博士班。1984 年法醫學科自病理學科中獨立出來。1989 年病理所博碩士班分為甲乙兩組，甲組招收醫學系及牙醫系畢業生，乙組則招收生物、醫農等相關科系畢業生。

1994 年醫院組織改造將病理科改為病理部。其下分為外科病理科，細胞病理科，解剖病理科及分子病理科四科。本學科的師資均為解剖病理專科醫師，其專長涵蓋所有病理次專科，包括血液、肝臟、腎臟、肺臟、神經、軟組織、婦科、骨科、消化道、肌肉、皮膚、遺傳、內分泌等病理學領域，藉由臨床和基礎醫學的結合，本學科主要進行國人常見疾病之致病機轉、分子病理學、與病理學診斷之研究。

本學科對大學部的教學工作，主要是教導醫學院各學系學生病理學之基本知識，以使學生對疾病有基本認識。此外本學科亦提供醫學系和醫技系學生見實習的課程，以使學生了解病理檢體處理流程。

研究所的目標在培育以疾病概念為導向的基礎醫學研究人才及師資，使之能結合基礎與臨床研究，藉以提升國人在重要疾病方面的病理學研究水準。研究所的課程規劃包括病理學及實驗，以教導學生疾病知識和基本的閱片能力，分子生物學和細胞生物學課程，以使學生了解重要的分子生物知識，並能應用在疾病研究上。實驗病理學課程教導學生在病理研究的所需要的實驗技能。專題討論及分子病理專題討論培養學生閱讀論文和批判性思考的能力。

病理學科與病理學研究所多年來對國人罹患率特高的肺癌、肝癌、鼻咽癌、惡性淋巴瘤等的研究，已有良好基礎，並由分子與細胞層次的研究，深入探討腫瘤的成因、癌化過程、腫瘤細胞生物習性及抗藥機制。近年來，本學科積極使用各種新穎的研究工具，包括次世代定序法，蛋白體學，基因編輯，螢光免疫雜交法等方法進行疾病研究。我們的重點包括疾病的分類及診斷，新穎的診斷和預後生物標記，腫瘤對標靶療法和免疫療法反應的預測，疾病的致病機轉和新穎腫瘤療法的開發。除了使用病理檢體，我們也專注於使用細胞培養及建立多種動物模式進行研究。

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