物理治療係利用聲、電、水、冷、熱、力、光等物理因子來預防、鑑別、評估、治療病患，並改善機能損傷及功能障礙之醫療專業，是結合科學與藝術的醫療專業。
1967年台大醫學院經由世界衛生組織之協助，在醫技系成立物理治療組，為亞洲國家最早之學士級物理治療師養成教育課程。1970年與職能治療組合併為復健醫學系。1992年兩組分別獨立設系，而本組正式更名為物理治療學系。於1997年設立亞洲國家第一所物理治療學研究所，本系再度更為物理治療學系暨研究所，招收碩士班研究生，並於2004年增設博士班。
本系於2006年1月16日正式遷入位於徐州路的台大公衛學院3樓。
本系師資陣容堅強，目前本系之系主任為曹昭懿教授，共有專任教師17名、兼任教師11名。教師具博士學位24名、碩士學位3名、學士學位1名。教師專長包括骨科、神經科、復健科、小兒科、呼吸循環系統、運動醫學等臨床專才以及生物力學、動作控制、老人醫學、社區復健、長期照護、早期療育、運動科技、心肺功能、體適能、公共衛生、職業醫學、醫學工程等研究專才。
