Comparison of Molecular Subtyping Methods for Salmonella enterica serovar Schwarzengrund
Date Issued
2014
Date
2014
Author(s)
Hu, Chung-Wen
Abstract
Salmonella enterica serovar Schwarzengrund 是一具有人畜共通傳染風險之血清型，相較於歐美國家，臺灣於家禽、豬隻、人類都曾經分離出高比例的S. Schwarzengrund，但是在歐美國家S. Schwarzengrund卻鮮少被分離，非主要造成動物或人類疾病的血清型。本研究利用30株於2000-2012年來自鴨、寵物食品、雞、野鳥、豬、火雞等不同來源之S. Schwarzengrund菌株，因具有流行病學相關性的菌株會有相同的抗藥性表現，因此本研究中分析30株S. Schwarzengrund 對於Ampicillin、Cephalothin、Chloramphenicol、Gentamicin、Streptomycin、Kanamycin、Tetracycline、Oxytetracycline、Ciprofloxacin、Enrofloxacin、Nalidixic acid以及Sulfamethoxazole/ Trimethoprim等12種抗菌劑的抗藥性差異，利用抗藥性表現以及流行病學背景篩選出不具流行病學相關性的菌株，用來計算分子分型法鑑別力時。進行脈衝式電泳分析時，發現常用的XbaI限制酶分型法無法有效辨別出無流行病學相關性之菌株，進而使用AvrII、SpeI、NotI、SfiI、PacI等五種限制酶，觀察其對於 S. Schwarzengrund 的分型能力。並且進一步利用Multi Locus Sequence Typing (MLST)及介質輔助雷射脫附飛行時間質譜法(MALDI-TOF MS)，評估這些方法的分型鑑別能力。脈衝式電泳的結果，對於不具流行病學相關之S. Schwarzengrund菌株XbaI限制酶D值為0.65，AvrII、SpeI、NotI、SfiI、PacI等限制酶之D值分別為0.96、0.89、0.95、0.93、0.91。使用AvrII以及SfiI對於S. Schwarzengrund菌株之分型力較佳，若結合此兩個限制酶，可以使得不具流行病學相關性的菌株被成功的鑑別，推薦可使用在S. Schwarzengrund的分型。本試驗中MLST使用aroC、dnaN、hemD、hisD、purE、sucA、thrA等七個管家基因作為定序的目標，若有單一點突變即可予以辨別，由序列比對得知各菌株之sequence type。MLST結果 S. Albany、S. Enteritidis、S. Typhimurium、S. Schwarzengrund以及S. Pullorum之sequence type分別為ST292、ST11、ST19、ST96、ST92，可見MLST能夠成功的鑑別不同血清型，但30株S. Schwarzengrund皆為ST96，因此MLST對於S. Schwarzengrund不具分型能力。利用MALDI-TOF MS雖可以將30株S. Schwarzengrund菌株分為A1、A2、B、C等4個群集，但同一來源之S. Schwarzengrund卻被鑑定為不同之群集，且MALDI-TOF MS也無法將不同血清型做區別，因此MALDI-TOF並不適合作為S. Schwarzengrund的親緣性鑑定。
Subjects
Schwarzengrund血清型沙門氏菌
脈衝式電泳
多重基因座序列分型法
介質輔助雷射脫附飛行時間質譜法
Type
thesis
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Name
ntu-103-R00629028-1.pdf
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