| dc.relation.reference | 1. WHO. Severe acute respiratory syndrome (SARS). Wkly Epidemiol Rec. 2003, 78, 217.
2. (a) Tsang, K. W.; Ho, P. L.; Ooi, G. C.; Yee, W. K.; Wang, T.; Chan-Yeung M.; Lam, W. K.; Seto, W. H.; Yam, L. Y.; Cheung, T. M.; Wong. P. C.; Lam, B.; Chan, J.; Yuen, K. Y.; Lai, K. N. N Engl J Med 2003; 348, 1977-1985. (b) Lee, N.; Hui, D; Wu, A.; Chan, P.; Cameron P.; Joynt G. M.; Ahuja A.; Yung, M. Y.; Leung, C. B.; To, K. F.; Lui, S. F.; Szeto, C. C.; Chung, S.; Sung, J. J. Y. N Engl J Med 2003, 348, 1986-1994.
3. Siddell, S. G. The Coronaviridae. In: H. Fraenkel-Conrat and R.R. Wagner, Editors, The Viruses, Plenum Press, New York (1995).
4. http://www.who.int/csr/sarsarchive/2003_04_16/en/print.html
5. Ksiazek, T. G.; Erdman, D.; Goldsmith, C. S.; Zaki, S. R.; Peret, T.; Emery, S.; Tong, S.; Urbani, C.; Comer, J. A.; Lim, W.; Rollin, P. E.; Dowell, S. F.; Ling, A.-E.; Humphrey, C. D.; Shieh, W.-J.; Guarner, J.; Paddock, C. D.; Rota, P.; Fields, B.; DeRisi, J.; Yang, J.-Y.; Cox, N.; Hughes, J. M.; LeDuc, J. W.; Bellini, W. J.; Anderson, L. J. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1953-1966.
6. Drosten, C.; Gunther, S.; Preiser, W.; van der Werf, S.; Brodt, H.-R.; Becker, S.; Rabenau, H.; Panning, M.; Kolesnikova, L.; Fouchier, R. A. M.; Berger, A.; Burguiere, A.-M.; Cinatl, J.; Eickmann, M.; Escriou, N.; Grywna, K.; Kramme, S.; Manuguerra, J.-C.; Muller, S.; Rickerts, V.; Sturmer, M.; Vieth, S.; Klenk, H.-D.; Osterhaus, A. D. M. E.; Schmitz, H.; Doerr, H. W. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1967-1976.
7. http://www.cdc.gov/ncidod/sars/sequence.htm
8. Rota, P. A.; Oberste, M. S.; Monroe, S. S.; Nix, W. A.; Campagnoli, R.; Icenogle, J. P.; Peñaranda, S.; Bankamp, B.; Maher, K.; Chen, M.-H.; Tong, S.; Tamin, A.; Lowe, L.; Frace, M.; DeRisi, L. L.; Chen, Q.; Wang, D.; Erdman, D. D.; Peret, T. C. T.; Burns, C.; Ksiazek, T. G.; Rollin, P. E.; Sanchez, A.; Liffick, S.; Holloway, B.; Limor, J.; McCaustland, K.; Melissa O.-R.; Fouchier, R.; Günther, S.; Osterhaus, A. D. M. E.; Drosten, C.; Pallansch, M. A.; Anderson, L. J.; Bellini, W. J. Science. 2003, 300. 1394-1399.
9. Marra, M. A.; Jones, S. J. M.; Astell, C. R.; Holt, R. A.; Angela B.-W.; Butterfield, Y. S. N.; Khattra, J.; Asano, J. K.; Barber, S. A.; Chan, S. Y.; Cloutier, A.; Coughlin, S. M.; Freeman, D.; Girn, N.; Griffith, O. L.; Leach, S. R.; Mayo, M.; McDonald, H.; Montgomery, S. B.; Pandoh, P. K.; Petrescu, A. S.; Robertson, A. G.; Schein, J. E.; Siddiqui, A.; Smailus, D. E.; Stott, J. M.; Yang, G. S.; Plummer, F.; Andonov, A.; Artsob, H.; Bastien, N.; Bernard, K.; Booth, T. F.; Bowness, D.; Czub, M.; Drebot, M.; Fernando, L.; Flick, R.; Garbutt, M.; Gray, M.; Grolla, A.; Jones, S.; Feldmann, H.; Meyers, A.; Kabani, A.; Li, Y.; Normand, S.; Stroher, U.; Tipples, G. A.; Tyler, S.; Vogrig, R.; Ward, D.; Watson, B.; Brunham, R. C.; Krajden, M.; Petric, M.; Skowronski, D. M.; Upton, C.; Roper, R. L. Science. 2003, 300, 1399-1404.
10. SARS冠狀病毒主要蛋白酶結構已經被Protein Data Bank於2003年7月26日收錄於其中，該蛋白酶並被編號為「1q2w」。詳細資訊如下：http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/1q2w/main.html。此蛋白酶結晶晶體為位在美國加州聖地牙哥之Structure GenomiX公司提供：X-ray Crystal Structure of the Sars Coronavirus Main Protease, Bonanno, J. B.; Fowler, R.; Hendle, J.; Lorimer, D.; Romero, R.; Sauder, M.; Burley, S. K.; Harris, T. Structure GenomiX公司所發佈之新聞稿內容請參閱以下網址：http://www.stromix.com/news/press_release_detail.php?keyID=58。
11. Yang, H.; Yang, M.; Ding, Y.; Liu, Y.; Lou, Z.; Zhou, Z.; Sun, L.; Mo, L.; Ye, S.; Pang, H.; Gao, G. F.; Anand, K.; Bartlam, M.; Hilgenfeld, R.; Rao, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13190-13195.
12. 此為紀念在越南河內受冠狀病毒感染而死亡的義大利籍Dr. Carlo Urbani醫師。在該疾病於越南爆發初期，Urbani 醫師受WHO之命趕往越南法國醫院（Vietnam French Hospital）從事醫療研究工作，他是第一個向全世界警告 SARS 嚴重性的傳染病學診斷專家，但不幸的是他於2003年3月29日亦因為受到SARS冠狀病毒感染而去逝。因此WHO則以Urbani醫師的名字命名該SARS病毒株為『Urbani SARS-associated coronavirus』以紀念這位偉大的醫師。N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1951-1952.
13. Brierley, I.; Digard, P.; Inglis, S. C. Cell. 1989, 57, 537–547.
14. Herold, J.; Raabe, T.; Schelle-Prinz, B.; Siddell, S. G. Virology. 1993, 195, 680-691.
15. Ziebuhr, J.; Snijder, E. J.; Gorbalenya, A. E. J. Gen. Virol. 2000, 81, 853.
16. Herold, J.; Siddell, S. G. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 5838-5842.
17. Thiel, V.; Ivanov, K. A.; Putics, Á.; Hertzig, T.; Schelle, B.; Bayer, S.; Weißbrich, B.; Snijder, E. J.; Rabenau, H.; Doerr, H. W.; Gorbalenya, A. E.; Ziebuhr, J. J Gene Virol. 2003, 84, 2305-2315.
18. (a) Babcock, G. J.; Esshaki, D. J.; Thomas, W. D. Jr.; Ambrosino, D. M. J. Virol. 2004, 78, 4552-4560. (b) Bosch, B. J.; van der Zee, R.; de Haan, C. A. M.; Rottier, P. J. M. J. Virol. 2003, 77, 8801-8811.
19. Shen, X.; Xue, J.-H.; Yu, C.-Y. Acta Pharmacol Sin. 2003, 24, 505-511.
20. Thiel, V.; Herold, J.; Schelle, B.; Siddell, S. G. J. Virol. 2001, 75, 6676.
21. Ziebuhr, J.; Herold, J.; Siddell, S. G. J. Virol. 1995, 69, 4331.
22. Dougherty, W. G.; Semler, B. L. Microbiol. Rev. 1993, 57, 781-822.
23. Kräusslich, H.-G.; Wimmer, E. Annu. Rev. Biochem. 1988, 57, 701-754.
24. Anand, K.; Palm, G. J.; Mesters, J. R.; Siddell, S. G.; Ziebuhr, J.; Hilgenfeld, R. EMBO J. 2002, 21, 3213-3224.
25. Anand, K.; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J. R.; Hilgenfeld, R. Science, 2003, 300, 1763-1767.
26. He, J.-F.; Peng, G.-W.; Min, J.; Yu, D.-W.; Liang, W.-J.; Zhang, S.-Y.; Xu, R.-H.; Virology group: Zheng, H.-Y.; Wu, X.-W.; Xu, J.; Wang, Z.-H.; Fang, L.; Zhang, X.; Li, H.; Yan, X.-G.; Lu, J.-H.; Hu, Z.-H.; Huang, J.-C.; Wan, Z.-Y.; Hou, J.-L.; Lin, J.-Y.; Molecular biology group: Song, H.-D.; Wang, S.-Y.; Zhou, X.-J.; Zhang, G.-W.; Gu, B.-W.; Zheng, H.-J.; Zhang, X.-L.; He, M.; Zheng, K.; Wang, B.-F.; Fu, G.; Wang, X.-N.; Chen, S.-J.; Chen, Z.; Data analysis group: Hao, P.; Tang, H.; Ren, S.-X.; Zhong, Y.; Guo, Z.-M.; Liu, Q.; Miao, Y.-G.; Kong, X.-Y.; He, W.-Z.; Li, Y.-X.; Wu, C.-I.; Zhao, G.-P.; Chinese University of Hong Kong group: Chiu, R. W. K.; Chim, S. S. C.; Tong, Y.-K.; Chan, P. K. S.; Tam, J. S.; Lo, Y. M. D. Science. 2004, 303, 1666-1669.
27. Snijder, E. J.; Bredenbeek, P. J.; Dobbe, J. C.; Thiel, V.; Ziebuhr, J.; Poon, L. L. M.; Guan, Y.; Rozanov, M.; Spaan, W. J. M.; Gorbalenya, A. E. J. Mol, Biol. 2003, 331, 991-1004.
28. Cavanagh, D. Archiv Virol. 1997, 142, 629-633.
29. Hegyi, A.; Ziebuhr, J. J. Gene virol. 2002, 83, 595-599.
30. Eleouet, J. F.; Rasschaert, D.; Lambert, P.; Levy, L.; Vende, P.; Laude, H. Virology. 1995, 206, 817-822.
31. Lee, H.-J.; Shieh, C. K.; Gorbalenya, A. E.; Koonin, E. V.; La Monica, N.; Tuler, J.; Bagdzhadzhyan, A.; Lai, M.-M. Virology. 1991, 180, 567-582.
32. The nomenclature used for describing the individual amino acid residues of a peptide substrate (P2, P1, P1', P2', etc.) and the corresponding enzyme subsites (S2, S1, S1', S2', etc.) is described in the following: Schechter, I.; Berger, A. On the Size of the Active Site in Proteases. I. Papain. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 27, 157-162.
33. Ziebuhr, J.; Siddell, S. G. J. Virol, 1999, 73, 177-185.
34. Schneider, TD.; Stephens, RM. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 6097-6100.
35. Sybyl [molecular modeling package], version 6.8. St Louis (MO): Tripos Associates; 2000.
36. Xiong, B.; Gui, C.-S.; Xu, X.-Y.; Luo, C.; Chen, J.; Luo, H.-B.; Chen, L.-L.; Li, G.-W.; Sun, T.; Yu, C.-Y.; Yue, L.-D.; Duan, W.-H.; Shen, J.-K.; Qin, L.; Shi, T.-L.; Li, Y.-X.; Chen, K.-X.; Luo, X.-M.; Shen, X.; Shen, J.-H.; Jiang, H.-L. Acta Pharmacol. Sin. 2003, 24, 497-504.
37. http://www.mdli.com/
38. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639.
39. Bone, R.; Vacca, J. P.; Anderson, P. S.; Holloway, M. K. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9380-9382.
40. Jenwitheesuk, E.; Samudrala, R. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 3989–3992.
41. Chou, K.-C.; Wei, D.-Q.; Zhong, W.-Z. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 308, 148-151.
42. Zhang, K. E.; Hee, B.; Lee, C. A.; Liang, B.; Potts, B. C. M. Drug Metabol Dispos. 2001, 29, 729-734.
43. Kosa, M.; Shetty, B. V.; Tuntland, T. (1999) Stability of AG7088, a human rhinovirus 3C protease inhibitor, in plasma of different species. Western Regional Meeting of the American Association of Pharmaceutical Scientists, April 29-30, 1999, San Diego, CA.
44. Harr, J. E. V.; Liang, B.; Shetty, B. V.; Lee, C . A. ISSX Proc. 1999, 15, 164.
45. Zhang, X.-W.; Yap, Y.-L. Bioorg Med Chem, 2004, 12, 2517-2521.
46. Bacha, U.; Barrila, J.; Velazquez-Campoy, A.; Leavitt, S. A.; Freire, E. Biochemistry. 2004, 43, 4906-4912.
47. Dimitrov, D. S. Cell. 2000, 101, 697-702.
48. (a) Gallagher, T. M.; Buchmeier, M. J. Virology. 2001, 279, 371-374. (b) Holmes, K. V. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1948-1951.
49. Li, W.-H.; Moore, M. J.; Vasilieva, N.; Sui, J.-H.; Wong, S. K.; Berne, M. A.; Somasundaran, M.; Sullivan, J. L.; Luzuriaga, K.; Greenough, T. C.; Choe, H.; Farzan, M. Nature. 2003, 426, 450-454.
50. Donoghue, M.; Hsieh, F.; Baronas, E.; Godbout, K.; Gosselin, M.; Stagliano, N.; Donovan, M.; Woolf, B.; Robison, K.; Jeyaseelan, R.; Breitbart, R. E.; Acton, S. Circ. Res. 2000, 87, E1–E9.
51. Tipnis, S. R.; Hooper, N. M.; Hyde, R.; Karran, E.; Christie, G.; Turner, A. J. J. Biol. Chem. 2000, 275, 33238–33243.
52. Xiao, X.; Chakraborti, S.; Dimitrov, A. S.; Gramatikoff K.; Dimitrov, D. S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 312, 1159–1164.
53. Prabakaran, P.; Xiao, X.; Dimitrov, D. S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 314, 235-241.
54. (a) Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359-1472. (b) Ripka, A. S.; Rich, D. H. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 441-452. (c) Craik, M. S.; Debouck, C.; McKerrow, J. H.; James, M. N. G.; Eds.; ESCOM: Leiden, 1995; Vol. 2, pp 1-125. (d) Shaw, E. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1990, 63, 271-347.
55. Huang, C.-K.; Wei, P.; Fan, K.; Liu, Y.; Lai, L. Biochemistry. 2004, 43, 4568-4574.
56. (a) Tong, L. Chem. Rev. 2002, 102, 4609-4626. (b) Powers, J. C.; Asgian, J. L.; Ekici, O. D.; James, K. E. Chem. Rev. 2002, 102, 4639-4750. (c) Leung, D.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2000, 43, 305-341.
57. (a) Couch, R. B. In Fields Virology, 3rd ed.; Fields, B. N., Knipe, D. M., Howley, P. M., et al., Eds.; Lippincott-Raven Publishers: Philadelphia, 1996; Vol. 1, Chapter 23, pp 713-734. (b) McKinlay, M. A.; Pevear, D. C.; Rossmann, M. G. Annu. Rev. Microbiol. 1992, 46, 635. (c) Phillpotts, R. J.; Tyrrell, D. A. J. Br. Med. Bull. 1985, 41, 386. (d) Gwaltney, J. M. In Principles and Practices of Infectious Diseases; Mandell, G. L., Douglas, R. G., Bennett, J. E., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 1985; Chapter 38, pp 351-355. (e) Gwaltney, J. M. In Viral Infections of Humans; Evans, A. S., Ed.; Plenum Publishing Corp.: New York, 1982; Chapter 20, pp 491-517.
58. (a) Rueckert, R. R. In Fields Virology, 3rd ed.; Fields, B. N., Knipe, D. M., Howley, P. M., et al., Eds.; Lippincott-Raven Publishers: Philadelphia, 1996; Vol. 1, Chapter 21, pp 609-654. (b) Kräusslich, H.-G.; Wimmer, E. Annu. Rev. Biochem. 1988, 57, 701.
59. (a) Cordingley, M. G.; Callahan, P. L.; Sardana, V. V.; Garsky, V. M.; Colonno, R. J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 9062-9065. (b) Orr, D. C.; Long, A. C.; Kay, J.; Dunn, B. M.; Cameron, J. M. J. Gen. Virol. 1989, 70, 2931-2942.
60. Cordingley, M. G.; Register, R. B.; Callahan, P. L.; Garsky, V. M.; Colonno, R. J. J. Virol. 1989, 63, 5037-5045.
61. Cordingley, M. G.; Callahan, P. L.; Sardana, V. V.; Garsky, V. M.; Colonno, R. J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 9062-9065.
62. Dragovich, P. S.; Webber, S. E.; Babine, R. E.; Fuhrman, S. A.; Patick, A. K.; Matthews, D. A.; Lee, C. A.; Reich, S. H.; Prins, T. J.; Marakovits, J. T.; Littlefield, E. S.; Zhou, R.; Tikhe, J.; Ford, C. E.; Wallace, M. B.; Meador, III, J. W.; Ferre, R. A.; Brown, E. L.; Binford, S. L.; Harr, J. E. V.; DeLisle, D. M.; Worland, S. T. J. Med. Chem. 1998, 41, 2806-2818.
63. (a) Almquist, R. G.; Crase, J.; Jennings-White, C.; Meyer, R. F.; Hoefle, M. L.; Smith, R. D.; Essenburg, A. D.; Kaplan, H. R. J. Med. Chem. 1982, 25, 1292-1299. (b) Holladay, M. W.; Salituro, F. G.; Rich, D. H. J. Med. Chem. 1987, 30, 374-383. (c) Almquist, R. G.; Chao, W.-R.; Judd, A. K.; Mitoma, C.; Rossi, D. J.; Panasevich, R. E.; Matthews, R. J. Med. Chem. 1988, 31, 561-567. (d) Harbeson, S. L.; Rich, D. H. J. Med. Chem. 1989, 32, 1378-1392.
64. Dragovich, P. S.; Prins, T. J.; Zhou, R.; Webber, S. E.; Marakovits, J. T.; Fuhrman, S. A.; Patick, A. K.; Matthews, D. A.; Lee, C. A.; Ford, C. E.; Burke, B. J.; Rejto, P. A.; Hendrickson, T. F.; Tuntland, T.; Brown, E. L.; Meador, III, J. W.; Ferre, R. A.; Harr, J. E. V.; Kosa, M. B.; Worland, S. T. J Med. Chem. 1999, 42, 1213-1224.
65. Tian, Q. P.; Nayyar, N. K.; Babu, S.; Chen, L.; Tao, J.; Lee, S.; et. al. Tetrahedron Lett. 2001, 42, 6807-6809.
66. Kokotos G.; Padrón, J. M.; Martín, T.; Gibbons, W. A.; Martín, V. S. J. Org. Chem. 1998, 63, 3741-3744.
67. (a) Reddy, P. A.; Hsiang, B. C. H.; Latifi, T. N.; Hill, M. W.; Woodward, K. E.; Rothman, S. M.; Ferrendelli, J. A.; Covey, D. F. J. Med. Chem. 1996, 39, 1898-1906. (b) Osby, J. O.; Heinzman, S. W.; Ganem, B. J. Am Chem. Soc. 1986, 108, 67-72.
68. (a) Hanessian, S.; Margarita, R. Tetrahedron Lett. 1998, 39, 5887-5890. (b) Hanessian, S.; Schaum, R. Tetrahedron Lett. 1997, 38, 163-166.
69. Reddy, P. A.; Hsiang, B. C. H.; Latifi, T. N.; Hill, M. W.; Woodward, K. E.; Rothman, S. M.; Ferrendelli, J. A.; Covey, D. F. J. Med. Chem. 1996, 39, 1898-1906.
70. (a) Humphries, M. E.; Murphy, J.; Phillips, A. J.; Abell, A. D. J. Org. Chem. 2002, 68, 2432-2436. (b) Oishi, S.; Kamano, T.; Niida, A.; Odagaki, Y.; Hamanaka, N.; Yamamoto, M.; Ajito, K.; Tamamura, H.; Otaka, A.; Fujii, N. J. Org. Chem. 2002, 67, 6162-6173. (c) Cook, G. R.; Shanker, P. S.. J. Org. Chem. 2001, 66, 6818-6822.
71. Hamada, Y.; Shibata, M.; Sugiura, T.; Kato, S.; Shioiri, T. J. Org. Chem. 1987, 52, 1252-1255.
72. (a) Jurczak, J.; Gryko, D.; Kobrzycka, E.; Gruza, H.; Prokopowicz, P. Tetrahedron. 1998, 54, 6051-6064. (b) Huang, S.-B.; Nelson, J. S.; Weller, D. D. Synth. Commun. 1989, 3458-3496.
73. Drag, M.; Latajka, R.; Gumienna-Kontecka, E.; Kozlowski, H.; Kafarski, P. Tetrahedron Asymm. 2003, 14, 1837-1846.
74. Parikh, J. R.; Doering, W. von E. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 5505-5507.
75. (a) Hanessian, S.; Bayrakdarian, M.; Luo, X. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4716-4721. (b) Okamoto, N.; Hara, O.; Makino, K.; Hamada, Y. J. Org. Chem. 2002, 67, 9210-9215.
76. (a) Dragovich, P. S.; Prins, T. J.; Zhou, R.; Brown, E. L.; Maldonado, F. C.; Fuhrman, S. A.; Zalman, L. S.; Tuntland, T.; Lee, C. A.; Patick, A. K.; Matthews, D. A.; Hendrickson, T. F.; Kosa, M. B.; Liu, B.; Batugo, M. R.; Gleeson, J.-P. R.; Sakata, S. K.; Chen, L.; Guzman, M. C.; Meador, III, J. W.; Ferre, R. A.; Worland, S. T. J. Med. Chem. 2002, 45, 1607-1623. (b) Lee, K.-Y.; Kim Y.-H.; Park, M.-S.; Oh, C.-Y.; Ham, W.-H. J. Org. Chem. 1999, 64, 9450-9458.
77. Jurczak, J.; Golebiowski, A. Chem Rev. 1989, 89, 149-164.
78. Texier-Boullet, F.; Foucaud, A. Synthesis. 1982, 165-166.
79. Patel, D. V.; Rielly-Gauvin, K.; Ryono, D. E. Tetrahedron Lett. 1990, 31, 5587-5590.
80. Hellmann, G.; Opitz, H. | zh_TW |
