戴政臺灣大學：流行病學研究所張秀慧Chang, Hsiu-HuiHsiu-HuiChang2007-11-272018-06-292007-11-272018-06-292005http://ntur.lib.ntu.edu.tw//handle/246246/56147做基因全體逐點搜尋 (genomewide scan) 時，需事先針對所有的標識基因做完基因型判定 (genotyping)，再針對每一個標識基因逐點作連鎖分析，觀察標識基因和疾病間的相關以推測疾病基因座可能的位置。由於基因全體逐點搜尋需要大量的標識基因，若每一標識基因都做基因型定位，會耗費許多時間與金錢成本，使眾多研究者卻步。本研究目的在於提出一個搜尋策略，期望只需做一部份的基因型分析就可發現疾病基因座的可能位置，以節省研究經費與成本。本搜尋策略是以可調適方法並利用傳遞不平衡檢定 (TDT) 來找尋疾病基因座位置。可調適方法是指將所有標識基因分成數個步驟分批以TDT檢定，於前一步驟中已達門檻顯著水準 (SLST) 之標識基因附近再多選取幾個標識基因續做分析，若達更嚴格的停止標準顯著水準 (SLSS) 則可停止搜尋策略。透過模擬結果，本搜尋策略平均約可節省一半的標識基因，即可正確發現和疾病基因有連鎖的標識基因座，顯示本策略是一個有效的基因全體逐點搜尋方法。Linkage analysis has been considered as a major instrument for gene mapping. When performing a genomewide scan, there requires a large number of markers being genotyped in advance and then being analyzed to find the candidate markers linked with the disease gene. To save the cost in labor and time, here we propose an adaptive stepwise selection strategy with the use of transmission/disequilibrium test that may only need to analyze a part of the whole markers to catch the disease gene. We have used computer simulation to investigate the efficiency of the adaptive genomewide scan strategy. In general, the results show that the strategy does not need to genotype all the markers and can still efficiently locate the gene.目 錄 第一章 緒論 1 第一節 研究背景 1 第二節 文獻探討 4 第二章 統計方法 9 第一節 研究假設 9 第二節 傳遞不平衡連鎖檢定 (TDT) 9 第三節 基因搜尋分析策略 11 1. 顯著水準 、 之訂定 16 2. 擴展窗內之標識基因數目之訂定 17 第三章 模擬結果 23 第一節 模擬設定 23 第二節 模擬結果 30 1. 平均個數與平均節省效率：在不同遺傳模式之下 30 2. 平均個數與平均節省效率：疾病基因座位置 33 3. 平均個數與平均節省效率：基因圖譜的密度 34 4. 定位錯誤率 35 5. 遺漏率 35 6. 定位準確率 38 第四章 結論與討論 41 參考文獻 45 附錄一、表 49 附錄二、平均使用標識基因個數_Acc 59 附錄三、平均節省效率：以平均使用標識基因個數_Acc為基礎 66 附錄四、遺漏率 72 附錄五、定位準確率 85526755 bytesapplication/pdfen-US傳遞不平衡檢定基因定位效率基因型判定連鎖分析transmission/disequilibrium testgene mappingefficiencylinkage analysisgenotypingthesishttp://ntur.lib.ntu.edu.tw/bitstream/246246/56147/1/ntu-94-R92842018-1.pdf