胡凱康臺灣大學：農藝學研究所謝廉一Hsieh, Lien-YiLien-YiHsieh2007-11-282018-07-112007-11-282018-07-112004http://ntur.lib.ntu.edu.tw//handle/246246/59096為鑑別台灣地區的主要稉稻品種，本研究利用46對簡單重複序列引子對25個參試品種(系)進行分析。在經過聚合酵素連鎖反應及螢光標記自動偵測系統記錄之後，其中的20組引子在參試品種之中具有多型性，平均多型性數為2.90；PIC值為0.383。除了台稉11號及台稉15號的分子標記多型性模式完全相同之外，其餘品種(系)均可以完全被鑑別。除此之外，對所有參試品種(系)及現有栽培品種中計算出鑑別最小組合引子對分別是6個與4個。而對於現有栽培品種中，也設計出一組可以進行的Multiplex PCR的SSR引子對組合。In order to identify the major Japonica type rice cultivars grown in Taiwan, this research used 46 pairs of simple sequence repeat (SSR) primers conducting analysis on 25 rice cultivars. After polymerase chain reaction (PCR) and automatic DNA fragment detection based on primer labeled with florescent dye, 20 pairs of primers showed polymorphism among cultivars. In total, there were 21 polymorphic loci, with average 2.9 alleles per locus, averaged Polymorphic Information Content is 0.383. All cultivars can be distinguished based on polymorphic SSR markers, except Taikeng No. 11 and Taikeng No. 15. The minimum set of primers that can be used to distinguish all 25 entries and 18 major cultivars are composed of 6 and 4 pairs or primers, respectively. For distinguishing major cultivars, a set of 4 pairs of primers, which are suitable for Multiplex PCR, is also found.內容目錄 i 圖片目錄 ii 表格目錄 iii 中文摘要 iv Abstract v 前言 1 前人研究 2 一、品種鑑定 2 二、簡單重複序列 3 三、螢光標記毛細管電泳與Multiplex PCR 4 材料與方法 5 一、材料 5 二、方法 8 2.1水稻葉片DNA抽取、定量 8 2.2簡單重複序列(Simple sequence repeat, SSR)引子對的選擇 10 引子對的選擇 10 黏合溫度測試 14 2.3多型性的測定 15 多型性的初步測試 15 毛細管電泳及資料收集 15 資料的記錄 16 2.4資料的分析 17 Polymorphism information content (PIC) 的計算 17 遺傳相似度的計算 17 2.5 最小鑑別標記數的估計 19 2.6 Mutliplex PCR 19 結果與討論 20 一、黏合溫度測試結果 20 二、毛細管電泳分析結果 21 三、Polymorphism information content (PIC) 25 四、參試品種(系)之相似性 26 五、最小鑑別集合引子對與Multiplex PCR 28 六、結語與未來展望 31 引用文獻 32 附錄：產生最小鑑別集合的SAS程式 35369186 bytesapplication/pdfen-US簡單重複序列品種鑑別稻稉Multiplex PCRsimple sequence repeat (SSR)Japonica ricevariety identificationthesishttp://ntur.lib.ntu.edu.tw/bitstream/246246/59096/1/ntu-93-R89621114-1.pdf