胡凱康臺灣大學：農藝學研究所許宏志Hsu, Hong-JhihHong-JhihHsu2007-11-282018-07-112007-11-282018-07-112007http://ntur.lib.ntu.edu.tw//handle/246246/59123番椒 (Capsicam annuum L.) 為茄科 (Solanaceae) 番椒屬，一般分為辣椒及甜椒兩群。現今商業生產上常採用雄不稔親 (S/rfrf)、維持親 (N/rfrf)、與恢復親 (N/RfRf) 大量生產雜交種子，並稱此系統為細胞質雄不稔系統。為建立可鑑別細胞質雄不稔系統的辣椒分子標誌，本研究利用 141 個辣椒細胞質雄不稔系統親本為材料，進行與細胞質特性及稔性恢復基因有關的分子標誌研究。與細胞質特性有關的分子標誌研究，對 atp6-2 序列進行分析，在 141 個品系當中得到四種 haplotype 的表現，其中具雄不稔細胞質的雄不稔親本均為第一種 haplotype 的表現，且與 ψatp6-2 前段序列 SNP 表現一致，並設計區別 atp6-2 基因變異的多引子系統區分四種 haplotype。與稔性恢復基因有關的分子標誌研究，利用 CRF 及 AFRF8CAPS 兩組分子標誌進行 141 個品系的普遍性檢測。CRF 分子標誌普遍性為 93％，AFRF8CAPS 分子標誌普遍性為 3.5％，並對 CRF 與 AFRF8CAPS 分子標誌顯、隱性表現的條帶進行序列分析，得到序列間的 SNP 差異位置。Pepper (Capsicum annuum L.) has two groups：chili pepper and sweet pepper, belongs to the Solanaceae family. Cytoplasmic-genetic male sterility (CGMS), commonly referred as cytoplasmic male sterility (CMS) system has been utilized for F1 hybrid seeds production, is composed of the sterile line (S/rfrf), maintainer line (N/rfrf) and restorer line (N/RfRf). In this research, we use 141 CMS system parents to develop molecular markers associate with the sterile cytoplasm and the nuclear fertility restorer gene (Rf). Four types of sequence composition were found for the ribosomal atp6-2 gene, of which the Type I sequence is always associated with the truncated pseudo-gene ψatp6-2 as well as the male sterility characteristic of cytoplasm. A multi-primer system has been designed to identify the Type I atp6-2 sequence and the ψatp6-2 sequence. Two markers, namely CRF and AFRF8CAPS, from published literatures, were used to exam the association between them and the Rf gene. For the 141 CMS system parents studied, CRF is associated with Rf gene in 93% of the lines, whereas AFRF8CAPS is associated with Rf gene in 3.5% of the lines. DNA Sequences of both the dominant and recessive alleles of these two molecular markers have been determined and the results reveal some SNPs that may be used for designing allele specific primers of PCR based co-dominant markers.目錄 i 圖次 iii 表次 v 中文摘要 vi Abstract vii 第一章 前言 1 第二章 前人研究 3 第三章 鑑別辣椒雄不稔細胞質之分子標誌研究 5 壹、 前言 5 貳、 材料與方法 6 一、 試驗材料 6 二、 試驗方法 6 1. 葉片DNA萃取、定量與品質檢定 6 2. 特定序列的擴增與定序 7 3. 電泳分析 8 參、 試驗結果 9 一、 粒線體 coxII 基因及 atp6 基因 9 1. coxII 9 2. atp6 10 二、 四引子系統 13 1. 可區別 atp6-2 基因變異的系統 13 2. 可區別細胞質雄不稔的系統 17 三、 品系分析 18 肆、 討論 22 一、 粒線體基因組結構及 atp6-2 基因上的變異 22 二、 粒線體序列的關係 23 三、 粒線體序列特殊性的應用 24 第四章 與稔性恢復基因 (Rf ) 連鎖分子標誌之普遍性研究 25 壹、 前言 25 貳、 材料與方法 27 一、 試驗材料 27 二、 試驗方法 27 1. 分子標誌分析 27 2. 電泳分析 28 3. 序列分析 28 參、 試驗結果 29 一、 OPP131400、OPW19800 分子標誌分析結果 29 二、 CRF 分子標誌普遍性檢測結果 30 三、 AFRF8CAPS 分子標誌普遍性檢測結果 31 四、 CRF 與 AFRF8CAPS 分子標誌普遍性檢測結果比較 32 五、 CRF 與 AFRF8CAPS 分子標誌序列分析 32 肆、 討論 35 一、 普遍性檢測之結果 35 二、 綜合比較 CRF 與 AFRF8CAPS 分子標誌 36 附錄 A 38 參考文獻 401674539 bytesapplication/pdfen-US辣椒細胞質與細胞核雄不稔系統CGMS雄不稔細胞質稔性恢復基因chili peppercytoplasmic-genetic male sterilitysterile cytoplasmfertility restore genethesishttp://ntur.lib.ntu.edu.tw/bitstream/246246/59123/1/ntu-96-R94621107-1.pdf