本院於2012年12月通過美國臨床研究受試者保護協會(Association for the Accreditation of Human Research Protection Programs, AAHRPP)評鑑,成為臺灣首家通過 AAHRPP評鑑(Full Accreditation)的醫院。2015年12月同樣以Full Accreditation的成績通過第二次AAHRPP評鑑。此外,本院於2013年4月通過國際醫療機構評鑑(The Joint Commission International, JCI)學術型醫學中心評鑑(Standards for Academic Medical Center Hospitals, AMC)的實地評鑑,JCI-AMC評鑑涵蓋了臨床研究受試者的保護,本院是目前國內首家及全球第6家通過JCI-AMC新版醫學中心評鑑的醫院。具體地向國際展現了臺大醫院做為亞太地區卓越臨床試驗中心與卓越受試者保護中心的領導地位,顯示本院在臨床研究的品質、倫理與受試者保護三方面已經符合國際最高標準。