A high-resolution HLA reference panel capturing global population diversity enables multi-ancestry fine-mapping in HIV host response
Journal
Nature Genetics
Journal Volume
53
Journal Issue
10
Pages
1504-1516
Date Issued
2021
Author(s)
Luo Y.
Kanai M.
Choi W.
Li X.
Sakaue S.
Yamamoto K.
Ogawa K.
Gutierrez-Arcelus M.
Gregersen P.K.
Stuart P.E.
Elder J.T.
Forer L.
Schönherr S.
Fuchsberger C.
Smith A.V.
Fellay J.
Carrington M.
Haas D.W.
Guo X.
Palmer N.D.
Chen Y.-D.I.
Rotter J.I.
Taylor K.D.
Rich S.S.
Correa A.
Wilson J.G.
Kathiresan S.
Cho M.H.
Metspalu A.
Esko T.
Okada Y.
Han B.
Abe N.
Abecasis G.
Aguet F.
Albert C.
Almasy L.
Alonso A.
Ament S.
Anderson P.
Anugu P.
Applebaum-Bowden D.
Ardlie K.
Dan Arking, Arnett D.K.
Ashley-Koch A.
Aslibekyan S.
Assimes T.
Auer P.
Avramopoulos D.
Ayas N.
Balasubramanian A.
Barnard J.
Barnes K.
Barr R.G.
Barron-Casella E.
Barwick L.
Beaty T.
Beck G.
Becker D.
Becker L.
Beer R.
Beitelshees A.
Benjamin E.
Benos T.
Bezerra M.
Bielak L.
Bis J.
Blackwell T.
Blangero J.
Boerwinkle E.
Bowden D.W.
Bowler R.
Brody J.
Broeckel U.
Broome J.
Brown D.
Bunting K.
Burchard E.
Bustamante C.
Buth E.
Cade B.
Cardwell J.
Carey V.
Carrier J.
Carty C.
Casaburi R.
Romero J.P.C.
Casella J.
Castaldi P.
Chaffin M.
Chang C.
Chasman D.
Chavan S.
Chen B.-J.
Chen W.-M.
Choi S.H.
Chung M.
Chung R.-H.
Clish C.
Comhair S.
Conomos M.
Cornell E.
Crandall C.
Crapo J.
Cupples L.A.
Curran J.
Curtis J.
Custer B.
Damcott C.
Darbar D.
David S.
Davis C.
Daya M.
de Andrade M.
Fuentes L.
de Vries P.
DeBaun M.
Deka R.
DeMeo D.
Devine S.
Dinh H.
Doddapaneni H.
Duan Q.
Dugan-Perez S.
Duggirala R.
Durda J.P.
Dutcher S.K.
Eaton C.
Ekunwe L.
Boueiz A.E.
Ellinor P.
Emery L.
Erzurum S.
Farber C.
Farek J.
Fingerlin T.
Flickinger M.
Fornage M.
Franceschini N.
Frazar C.
Fu M.
Fullerton S.M.
Fulton L.
Gabriel S.
Gan W.
Gao S.
Gao Y.
Gass M.
Geiger H.
Gelb B.
Geraci M.
Germer S.
Gerszten R.
Ghosh A.
Gibbs R.
Gignoux C.
Gladwin M.
Glahn D.
Gogarten S.
Gong D.-W.
Goring H.
Graw S.
Gray K.J.
Grine D.
Gross C.
Gu C.C.
Guan Y.
Gupta N.
Haas D.M.
Haessler J.
Hall M.
Han Y.
Hanly P.
Harris D.
Hawley N.L.
He J.
Heavner B.
Heckbert S.
Hernandez R.
Herrington D.
Hersh C.
Hidalgo B.
Hixson J.
Hobbs B.
Hokanson J.
Hong E.
Hoth K.
Hsiung C.A.
Hu J.
Hung Y.-J.
Huston H.
Hwu C.M.
Irvin M.R.
Jackson R.
Jain D.
Jaquish C.
Johnsen J.
Johnson A.
Johnson C.
Johnston R.
Jones K.
Kang H.M.
Kaplan R.
Kardia S.
Kelly S.
Kenny E.
Kessler M.
Khan A.
Khan Z.
Kim W.
Kimoff J.
Kinney G.
Konkle B.
Kooperberg C.
Kramer H.
Lange C.
Lange E.
Lange L.
Laurie C.
Laurie C.
LeBoff M.
Lee J.
Lee S.
Lee W.-J.
LeFaive J.
Levine D.
Dan Levy, Lewis J.
Li X.
Li Y.
Lin H.
Lin H.
Lin X.
Liu S.
Liu Y.
Liu Y.
Loos R.J.F.
Lubitz S.
Lunetta K.
Luo J.
Magalang U.
Mahaney M.
Make B.
Manichaikul A.
Manning A.
Manson J.A.
Martin L.
Marton M.
Mathai S.
Mathias R.
May S.
McArdle P.
McDonald M.-L.
McFarland S.
McGarvey S.
McGoldrick D.
McHugh C.
McNeil B.
Mei H.
Meigs J.
Menon V.
Mestroni L.
Metcalf G.
Meyers D.A.
Mignot E.
Mikulla J.
Min N.
Minear M.
Minster R.L.
Mitchell B.D.
Moll M.
Momin Z.
Montasser M.E.
Montgomery C.
Muzny D.
Mychaleckyj J.C.
Nadkarni G.
Naik R.
Naseri T.
Natarajan P.
Nekhai S.
Nelson S.C.
Neltner B.
Nessner C.
Nickerson D.
Nkechinyere O.
North K.
O’Connell J.
O’Connor T.
Ochs-Balcom H.
Okwuonu G.
Pack A.
Paik D.T.
Pankow J.
Papanicolaou G.
Parker C.
Peloso G.
Peralta J.M.
Perez M.
Perry J.
Peters U.
Peyser P.
Phillips L.S.
Pleiness J.
Pollin T.
Post W.
Becker J.P.
Boorgula M.P.
Preuss M.
Psaty B.
Qasba P.
Qiao D.
Qin Z.
Rafaels N.
Raffield L.
Rajendran M.
Ramachandran V.S.
Rao D.C.
Rasmussen-Torvik L.
Ratan A.
Redline S.
Reed R.
Reeves C.
Regan E.
Reiner A.
Reupena M.S.
Rice K.
Robillard R.
Robine N.
Dan Roden, Roselli C.
Ruczinski I.
Runnels A.
Russell P.
Ruuska S.
Ryan K.
Sabino E.C.
Saleheen D.
Salimi S.
Salvi S.
Salzberg S.
Sandow K.
Sankaran V.G.
Santibanez J.
Schwander K.
Schwartz D.
Sciurba F.
Seidman C.
Seidman J.
Sériès F.
Sheehan V.
Sherman S.L.
Shetty A.
Shetty A.
Sheu W.H.-H.
Shoemaker M.B.
Silver B.
Silverman E.
Skomro R.
Smith J.
Smith J.
Smith N.
Smith T.
Smoller S.
Snively B.
Snyder M.
Sofer T.
Sotoodehnia N.
Stilp A.M.
Storm G.
Streeten E.
Su J.L.
Sung Y.J.
Sylvia J.
Szpiro A.
Taliun D.
Tang H.
Taub M.
Taylor M.
Taylor S.
Telen M.
Thornton T.A.
Threlkeld M.
Tinker L.
Tirschwell D.
Tishkoff S.
Tiwari H.
Tong C.
Tracy R.
Tsai M.
Vaidya D.
Van Den Berg D.
VandeHaar P.
Vrieze S.
Walker T.
Wallace R.
Walts A.
Wang F.F.
Wang H.
Wang J.
Watson K.
Watt J.
Weeks D.E.
Weinstock J.
Weir B.
Weiss S.T.
Weng L.-C.
Wessel J.
Willer C.
Williams K.
Williams L.K.
Wilson C.
Wilson J.
Winterkorn L.
Wong Q.
Wu J.
Xu H.
Yanek L.
Yang I.
Yu K.
Zekavat S.M.
Zhang Y.
Zhao S.X.
Zhao W.
Zhu X.
Zody M.
Zoellner S.
McLaren P.J.
Raychaudhuri S.
NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium
Abstract
Fine-mapping to plausible causal variation may be more effective in multi-ancestry cohorts, particularly in the MHC, which has population-specific structure. To enable such studies, we constructed a large (n = 21,546) HLA reference panel spanning five global populations based on whole-genome sequences. Despite population-specific long-range haplotypes, we demonstrated accurate imputation at G-group resolution (94.2%, 93.7%, 97.8% and 93.7% in admixed African (AA), East Asian (EAS), European (EUR) and Latino (LAT) populations). Applying HLA imputation to genome-wide association study data for HIV-1 viral load in three populations (EUR, AA and LAT), we obviated effects of previously reported associations from population-specific HIV studies and discovered a novel association at position 156 in HLA-B. We pinpointed the MHC association to three amino acid positions (97, 67 and 156) marking three consecutive pockets (C, B and D) within the HLA-B peptide-binding groove, explaining 12.9% of trait variance.
SDGs
Type
journal article